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明升官网明升体育app家国际上首次完成仿刺参基因组测序组装 |
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近日，记者从明升官网明升体育app院海洋研究所获悉，我国明升体育app家正式完成仿刺参基因组测序和组装，这在国际上尚属首次。该研究成果对刺参生物学和遗传育种研究具有重要明升体育app意义，对我国刺参明升发展将产生重要推动作用。
据了解，该项研究得到了国家科技部973 、863计划，国家基金委，明升官网明升体育app院和山东省科技厅、青岛市科技局的资助。该成果由明升官网明升体育app院海洋研究所研究员杨红生、相建海两个团队共同完成，在天津生物芯片技术公司的技术支撑下，突破了刺参复杂基因组测序和组装技术瓶颈，采用新一代测序技术获得132Gb高质量DNA序列数据，覆盖全基因组160倍。科研人员利用针对高复杂度基因组组装的创新策略，在国际上首次成功完成了野生刺参的基因组组装，目前获得的框架图总长度达到765Mb，组装叠连群Contig N50达112Kb，该数值优于国际迄今已发表的多数水产动物基因组图谱的指标。初步检测表明，功能基因区覆盖达95%以上。
早在上世纪50年代，明升官网明升体育app院海洋研究所科研人员就开展了海参的形态分类和经典生物学研究，查清了我国海参的分布和生物多样性特征，阐明了其分类学地位。仿刺参,又称刺参，属于棘皮动物门，主要分布于明升官网的黄渤海和俄罗斯、南北朝鲜和日本等东北亚海域。由于刺参特殊的进化地位、独特的繁殖生活史以及夏眠、排脏与再生、自溶等生物学现象，使其具有重要的明升体育app研究价值。同时，刺参也是我国现有20种可食用的海参中品质最好、经济价值最高的种类，2013年我国刺参养殖面积达21.5万公顷，总产量达19.4万吨，产值近300亿元，约占全国当年海水养殖产值的15%。
十多年来，杨红生等针对刺参的基础生物学、生态学和遗传育种应用开展了契而不舍的系统研究，取得了十分丰厚的科技成果，在理解刺参夏眠、再生和行为学上获得若干新认知，构建了刺参的遗传育种群体，培育了具有耐温高产、多刺和不同体色等性状的刺参新品系，并进行了示范应用和推广。
近两年，针对我国刺参养殖业面临育苗变态困难、成活率低下、养殖病害严重、种质退化、品质欠佳等一系列问题，杨红生团队与相建海团队合作，共同开展刺参基因组学研究，通过刺参基因信息的全面破译，在特殊明升m88现象的剖析、重要经济性状的分子解析、基因资源挖掘与利用、物种进化等多个领域的开展深入研究。
记者了解到，全基因组序列的成功破译作为对刺参认知创新的里程碑，将为刺参的繁殖发育、免疫调控、营养代谢、遗传解析提供重要理论支撑，有力推动刺参重要经济性状解析、分子标记辅助选育和全基因组遗传育种，以及揭示刺参的夏眠、再生、自溶等特殊明升m88现象的机理机制等相关研究，为我国刺参明升健康可持续发展提供有力科技支撑。
