新冠病毒可能在40-70年前从与之关系最紧密的蝙蝠病毒中分化出来。这一发现意味着产生新冠病毒的病毒谱系可能已经在蝙蝠中传播几十年了。相关研究结果7月28日在线发表于《自然—微生物学》。
了解新冠病毒的演化历史一直有难度，因为已知冠状病毒会重组（不同病毒之间交换遗传物质），而且病毒的小的基因组亚区可能具有不同的祖先起源。蝙蝠病毒RaTG13被鉴定为与新冠病毒关系最密切，提示新冠疫情暴发可能源于蝙蝠。但研究也在穿山甲体内发现了相似的冠状病毒（特别是2019年在广东取样的一种穿山甲病毒：Pangolin-2019），而且有观点认为穿山甲可能是中间宿主。
美国宾夕法尼亚州立大学的Maciej Boni及同事使用有关sarbecovirus（乙型冠状病毒支系B，即新冠病毒所属的冠状病毒亚属）的基因组数据，分析了新冠病毒的演化历史。他们采用了三种方法来鉴定未经历重组的以及可用于重构病毒演化历史的新冠病毒病毒区域。所有方法均表明，RaTG13和新冠病毒拥有共同的单一祖先谱系，估计新冠病毒分别在1948年、1969年和1982年从相关的蝙蝠病毒sarbecovirus中分化出来。作者还检查了新冠病毒刺突蛋白的受体结合域（RBD），它使病毒能够利用人ACE2受体进入细胞。虽然已经表明新冠病毒的刺突蛋白在遗传上更接近穿山甲病毒而非RaTG13，但是作者没有在刺突蛋白上发现证据，可表明在产生新冠病毒的病毒和其他已知的sarbecovirus病毒之间发生了重组。根据这一发现，他们提出刺突蛋白及其RBD是产生新冠病毒的病毒、RaTG13和Pangolin-2019的先祖特征，并得出结论：虽然新冠病毒和穿山甲病毒拥有一个共同祖先，而且穿山甲可能在新冠病毒传人的过程中发挥了一定的作用，但是它们不太可能是新冠病毒的中间宿主。
作者认为，新冠病毒分化时间长表明可能存在未取样、具有潜在传染力的蝙蝠病毒谱系，这种传染力来源于承自祖先的新冠病毒 RBD上人适应接触残基的遗传位点；不过还需要更好地进行采样来评估这一点。他们总结表示，蝙蝠病毒谱系中病毒重组的现有多样性和动态过程，证明了要事先鉴定出有可能引发重大人类疫情暴发的病毒有多么困难，突出地表明需要有人类疾病实时监测系统，快速地鉴定病原体并对其进行分类。
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DOI: 10.1038/s41564-020-0771-4
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