明升体育·(中国)官方网站 - ios/安卓/手机版app下载

明升体育app下载 - App Store

明升体育app

明升体育手机版


 
来源: 发布时间:2022/6/12 9:13:35
选择字号:
Nature Communications|微生物所王军研究组结合三代测序合作解析肠道菌群结构变异和功能

 

近十年来,肠道微生物组已成为明升m88明升体育app研究领域的热点,但目前大部分研究都集中在使用二代测序技术进行物种和功能的解析,宏基因组的拼接质量不高并且很难实现菌株水平的功能差异分析。

有鉴于此,科院微生物研究所王军课题组和动物研究所宋默识课题组合作,建立了ONT三代测序和Illumina二代测序数据混合组装和后续分析流程。在mock community上的验证表明,三代和二代测序数据的混合组装从完整度、准确程度以及编码密度方面均比单纯二代或者三代测序组装更有优势。

图1 本研究的技术路线(a),利用三代测序进行SV的深度解析,以及横断面/时间序列中SV的组成、动态分析,最终进行SV对代谢功能的影响判定。(b) 混合组装能够有效提高N50,并组装出大量的基因组(c),其中发现更多的insertion、deletion和inversion。

图2 肠道微生物中与SVs相关的功能研究结果。(a,b,c) SV影响基因富集结果; (d-i) SV影响单菌种内不同菌株与代谢产物以及血糖的关联。

图3 肠道菌群汇中与病毒和CRISPR相关的研究结果

该研究基于三代ONT序列,提高了宏基因组装的质量、SV的发现能力,发现了大量包括插入突变和基因倒位在内的结构变异对于菌株水平上基因功能的影响,以及噬菌体、CRISPR-spacer等系统的深度挖掘。这项研究是课题组利用三代Nanopore测序技术解析肠道病毒组(Cao et al., Medicine in Microecology, 2020, 4:100012; Cao et al. Gut Microbes, 2021, 13),近期发表的真菌组分析方法(Lu et al, Molecular Ecology, doi:10.1111/mec.16534)和靶向RNA检测病原微生物(Zhao et al., Advanced Science, 2021, 8, 2102593)之后,在利用三代Nanopore测序技术探索肠道微生物研究领域的新进展。这一发现,对未来更精细的精准明升手机版领域的发展提供了理论启发。

明升官网明升体育app院微生物研究所王军研究员、科院动物研究所宋默识研究员为本文的共同通讯作者。明升官网微生物研究所助理研究员陈亮、赵娜、博士生曹佳宝、硕士研究生刘小林、助理研究员徐嘉悦为该论文的共同第一作者。该研究得到了国家重点研发计划项目、国家自然明升体育app基金项目、明升官网明升体育app院战略性先导科技专项、北京市自然明升体育app基金项目等多项资金的资助。

文章链接:http://www.nature.com/articles/s41467-022-30857-9

 
特别声明:本文转载仅仅是出于传播信息的需要,并不意味着代表本网站观点或证实其内容的真实性;如其他媒体、网站或个人从本网站转载使用,须保留本网站注明的“来源”,并自负版权等法律责任;作者如果不希望被转载或者联系转载稿费等事宜,请与我们接洽。
 
 打印  发E-mail给: 
    
 
相关手机版 相关论文

图片手机版
>>更多
 
一周手机版排行
 
编辑部推荐博文