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作者:杜嘉木等 来源:《植物细胞》 发布时间:2017/12/21 10:15:44
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研究发现KDM5去甲基化酶的底物识别机制

 

12月12日,明升官网明升体育app院植物逆境生物学研究中心杜嘉木课题组,中科院院士、中科院遗传与发育生物学研究所曹晓风课题组合作完成的论文,以Structure of the Arabidopsis JMJ14-H3K4me3 Complex Provides Insight into the Substrate Specificity of KDM5 Subfamily Histone Demethylases为题,在线发表在上,该研究利用结构生物学、生物明升手机和细胞生物学等手段,揭示了KDM5亚家族组蛋白去甲基化酶的底物识别机制。
 
组蛋白修饰在生物体生长发育过程中发挥着重要作用,与基因沉默、基因激活、肿瘤生成、染色体形态建成以及遗传物质修复等生物学问题密切相关。对其分子机制的研究为探索明升m88本质以及开发相应的靶点药物提供了理论依据。
 
以往研究表明,拟南芥JMJ14是一个含有jumonji结构域的组蛋白H3K4me3的去甲基化酶,从序列分析上属于KDM5亚家族。人源的KDM5亚家族基因可以促进肿瘤生成及产生耐药性,因而是重要的抗癌药物靶标,但植物或动物中KDM5亚家族去甲基化酶的其底物识别机制尚不清楚。拟南芥的JMJ14已报道具有调控开花、RNA介导的基因沉默以及DNA甲基化等重要的生理过程,但其底物识别机制也不清楚。
 
 研究中,研究人员使用了更精准的酶活测定系统,质谱结果表明JMJ14是一个H3K4me3和me2的去甲基化酶,而对me1作用不明显。而后利用X射线晶体衍射的方法解析了JMJ14处于apo状态和底物复合物状态的结构。JMJ14主要有jumonji、helical以及C5HC2三个结构域组成,jumonji以及C5HC2结构域上的3个酸性氨基酸与组蛋白小肽上H3R2和H3Q5发生了大量的氢键以及盐键的相互作用,形成特异性识别。将这几个酸性氨基酸突变之后,JMJ14的体内酶活显著下降,表明这几个氨基酸确实参与了底物识别。此外,由于人源KDM5家族蛋白是重要的抗癌药物靶标,而其底物识别机制还不是很清楚。通过氨基酸序列和三维结构比对发现,JMJ14参与底物识别的氨基酸在KDM5B中非常保守,暗示着它们采用了相似的底物识别机制。将KDM5B中相应的氨基酸突变后其酶活明显下降,证明了以上猜想。该项工作不仅解析了以JMJ14为代表的KDM5亚家族H3K4me3去甲基化酶的去甲基化机制,还为以人源KDM5为靶标的抗癌药物开发提供了理论基础。
 
 逆境中心质谱平台为该研究提供了酶活实验帮助,上海同步辐射光源国家蛋白质设施BL19U1(SSRF)为数据收集提供了及时有效的支持。研究工作得到了科技部国家重点研发计划、国家自然明升体育app基金委以及中科院的资助。(来源:明升官网明升体育app院上海明升m88明升体育app研究院
 
 
 
JMJ14特异识别并催化组蛋白H3K4me3的分子机制。A.JMJ14催化结构域的表面电荷分布,组蛋白H3K4me3以棒状模型展示。B.JMJ14特异识别组蛋白第二位的精氨酸,第五位的谷氨酰胺和第7位的丙氨酸。
 
 
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