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作者：Lei Xin, Penghao Xie, Tao Wen, Guoqing Niu, Jun Yuan
发表时间：1 May 2024
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抑制土壤病害的发生被认为是促进可持续农业发展最有利的途径。构建土壤疾病预测模型可以实现精准农业。然而，元框架的分析结果常常相互矛盾，导致机器学习结果的重要特征不一致。因此，比较各种机器学习模型的分类准确度，并进一步优化模型的特征以增强其分类准确度是必要的。
本研究对八种常见的机器学习算法（XGBoost、CatBoost、决策树、LGBM、朴素贝叶斯、感知器、逻辑回归和随机森林）在科、属和种级别进行了比较。基于模型准确性和重要特征差异提取了模型的重要特征，随后对这些重要特征进行了可解释性分析。随后，使用SMOTE算法对数据进行过采样，结果表明SMOTE-Transformer模型在预训练过程中表现良好，超越了投票和堆叠策略的训练结果，准确率达到90%。我们还将SMOTE-Transformer模型在测序数据上进行微调，准确率超过80%。SMOTE-Transformer模型的构建为土壤微生物数据分析提供了新思路，大大提高了土壤微生物数据处理工具的准确性和稳健性。
作者及团队介绍
辛磊（第一作者），南京农业大学2020级本科生，曾在明升官网明升体育app院深圳华大时空研究院精准明升手机版研究所作为访问学生，并主持一项明升官网明升体育app院科创计划。研究方向AI4Science，计算生物学，可解释人工智能。随时欢迎交流和合作（邮箱：9201310419@njau.edu.cn）。
谢鹏昊（第一作者），南京农业大学博士三年级研究生。
袁军（通讯作者），南京农业大学教授，院士助理，钟山学术新秀。以第一或通讯作者在国际著名学术期刊上发表SCI收录论文30篇，总被引2500余次，H因子为25；申请国家发明专利6项，已授权2项并成功转化；先后主持了国家自然明升体育app基金、江苏省优秀青年基金、科技部重点研发计划子课题、“博士后创新人才支撑计划”等科研项目。入选江苏省“青蓝工程”优秀青年骨干培养计划，获2019年度神农中华农业科技一等奖、黑龙江省科技进步二等奖。
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期刊简介
Soil Ecology Letters(SEL) 由高等教育出版社与明升官网明升体育app院城市环境研究所共同主办，SpringerNature海外发行。报道领域包括：土壤生物多样性、土壤互营和食物网、土壤微生物组、土壤—植物相互作用、土壤生物地球明升手机循环、土壤生物修复和恢复、土壤多功能性、土壤生物对环境变化的响应和适应、土壤生态过程的突破性技术、新理论和模型。栏目包括但不限于：letter to editor, perspective, review, rapid report, research article, commentary, SEL digest。
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